突变丰度：基因检测里被忽视的内容，决定了你的疗效！

EGFR突变是亚洲肺癌患者的常见突变，在中国，约50%的肺腺癌患者存在EGFR基因突变。

对EGFR敏感突变的患者而言，服用针对EGFR突变的靶向药是最好的选择。在临床中，存在EGFR突变的患者经靶向治疗有效率可达70%以上，且生存期可达到2年以上。这个时间远超传统治疗仅仅10个月的维持时间。

这个数据无疑是非常令人振奋的，但细看却仍有疑惑：还有30%左右的敏感突变患呢？难道还有患者即使存在EGFR突变，经对应的靶向治疗后无效吗？答案是肯定的，这部分患者靶向治疗没有效果，或者起效很短的时间后失效。

到底是什么原因导致了这部分患者明明存在EGFR突变，却经靶向治疗后无效呢？

今天，我们要和大家聊一聊在基因检测中，常被我们忽视的一个重要指标：突变丰度。

什么是突变丰度？

要说清楚到底什么是突变丰度，需要首先给大家介绍一个临床概念：

在学术上，有敏感突变却靶向治疗无效的情况被称为“靶向初次抵抗”。目前我们认为是肿瘤异质性导致了这个情况的发生。

什么是肿瘤异质性？可以这样简单理解：把不同的肿瘤细胞比作各种颜色乒乓球，把穿刺活检比为抽奖，一次穿刺就是抽一次奖，允许一次多拿几个球。大家可以想象一下，假设有100多种肿瘤细胞就有100多种颜色的球，每次只能拿到其中的几种颜色的球，这部分的球（肿瘤细胞）不可能代表所有的肿瘤组织。这就造成了肿瘤治疗的困难性。



突变丰度是体现肿瘤异质性的一个重要指标。肿瘤组织里有各种不同的肿瘤细胞。不同的肿瘤细胞携带不同的突变基因，而穿刺是不可能取到同样的若干个相同的肿瘤细胞，所以不可能有100%突变的基因（胚系突变除外）。基因突变丰度越高就说明肿瘤组织中含有这种突变基因的细胞数越多。

30%无效患者，是不是因为突变丰度不同所致？

早在2011年，吴一龙团队提出EGFR突变丰度可能与靶向药疗效存在一定关系，并利用不同的检测方法检测EGFR突变的敏感性不同的特点，设计了探讨EGFR突变丰度与靶向药效果的研究。

这个研究利用两种敏感度不同的检测方法直接测序法（10%）与ARMS法（1%）对100例非小细胞肺癌患者进行EGFR突变检测。研究把直接测序法与ARMS法两种方法检测阳性的组称为突变丰度高组（H组），把直接测序法阴性、ARMS法阳性的组称为突变丰度低组（L组），把两种方法都阴性的组称为野生型组（W组）。



结果显示：

EGFR突变丰度高的病人（51例），疗效较好，中位生存期为11.3个月，总生存期15.9个月；

EGFR突变丰度低的病人（18例），疗效一般，中位生存期6.9个月，总生存期10.9个月。

可以看出，两组差异非常明显。

美中不足，该研究没有对EGFR突变的丰度进行定量（确定突变值），也没有揭示EGFR突变丰度与EGFR-TKI功效之间关系的真正关系。

在此基础之上，周彩存教授开展了更为细致的研究。该研究从2008年至2012年共收入201例非小细胞肺癌患者进行临床试验。与吴的研究不同，周的研究测序采用了NGS法与ARMS法，可对突变丰富进行定量检测。

同样发现，血液中EGFR突变丰度高，靶向治疗效果好，中位生存期更长。



上图中，绿色线是EGFR突变丰度高组，紫色为突变丰度低组，红色代表野生型。无论是19号的缺失还是L858R的点突变，丰度高就预示着好疗效：

19del：丰度高的PFS为15个月，丰度低的PFS为4个月；

L858R：丰度高的PFS为12月，丰度低的PFS为2个月。

因为周彩存教授的研究中采用了NGS法与ARMS法，观察到了EGFR突变丰度与靶向药物之间的具体关系。



从图中可以看出，随着EGFR突变丰度的升高，靶向治疗的部分缓解人数比例逐渐上升（PR蓝色面积增大），尤其是NGS阳性组，77.2%的患者部分缓解。

最左边ARMS检测阴性的患者，这类患者有8人靶向治疗可以部分缓解（12.6%），这个数据可以表示血液中即使ARMS阴性，也不代表靶向药一定没有效果，毕竟还有12.6%的患者可以获益。

在ARMS阳性患者中，有部分患者靶向治疗依旧进展，发生了初次抵抗显现。但在二代测序检测阳性的情况下，这个概率就较小。说明丰度与靶向效果呈一定的正相关。

吴与周的研究都说明EGFR突变丰度与靶向效果是有关系的，这里强调一点，暂时没发现其他基因突变丰度与靶向效果的关系的研究，不要盲目效仿。另外，周的研究中也研究了T790M丰度与靶向药物的关系，但因数据少，未发现其关联性，现阶段突变丰度与靶向效果的关系仅在EGFR（19DEL&L858R）中可以参考。

咚咚温馨提醒

突变丰度与靶向效果是有关系的，但并不能说是唯一关系，对于突变丰度高依旧靶向无效的患者，有可能是存在其他的耐药突变位点。市面上说ARMS的检查灵敏度比NGS高，但都是成本问题，只要NGS测序深度足够深，灵敏度肯定高于ARMS，当然这会更贵。而ARMS一次检测单一位点，不能发现其他靶向突变或者耐药突变，为了追求高灵敏牺牲全貌性是得不偿失，而且低的突变丰度的靶向效果还不好！

参考文献：

[1]Zhou Q, Zhang X C, Chen Z H, et al. Relative abundance of EGFR mutations predicts benefit from gefitinib treatment for advanced non-small-cell lung cancer.[J]. Journal of Clinical Oncology Official Journal of the American Society of Clinical Oncology, 2011, 29(24):3316-21.

[2]Li X, Cai W, Yang G, et al. Comprehensive analysis of EGFR-mutant abundance and its effect on efficacy of EGFR-TKIs in advanced NSCLC with EGFR mutations.[J]. Journal of Thoracic Oncology Official Publication of the International Association for the Study of Lung Cancer, 2017, 12(9):1388.

一直想找这方面的研究看看，谢谢你的分享。

yohoo 发表于 2017-11-29 22:11

                               
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一直想找这方面的研究看看，谢谢你的分享。

不客气，为了家人，共同研究，共同学习

学习选择 发表于 2017-11-29 22:14
不客气，为了家人，共同研究，共同学习

统计数据里有3个患者的治疗记录令人印象深刻：
第一个是39岁的女性患者，19DEL超过74%的突变频率竟然只拿到SD，而且只有2个月的PFS；
第二个是38岁的男性患者，19DEL超过98%的突变频率，PFS不过10个月；
第三个是79岁的女性患者，19DEL不到24%的突变频率，PFS竟达到36个月。

得这病，过程走得好不好，全看个人命数。

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学习了学习了。

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